Questions and Answers

0 Like 0 Dislike

Chang Liu

error in pack.pl: "Number of dihedral types don't match in reference files."

Dear developer, I would like to ask a question about an error: "Number of dihedral types don't match in reference files."

I want to make a structure of cross-linked polyamide with to different monomers. And when I tried to use command "./pack.pl -i 2 TMC.data 260 MPD.data 390 -l 70 -o MPDPA.lmps" to random pack two monomers in a cell, this error occurred. The LAMMPS data files of two monomers are as follows. But when I manually modified the MPD's dihedral types to 5, the program did not prompt this error. Different molecules should have different numbers of dihedral types. Why do I need to manually modify the two molecules to have the same number of dihedral? What should I do? I hope to get your advice, thank you!

LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.9 / 05 Nov 2018 / CGCMM for ./TMC

     15 atoms
     15 bonds
     21 angles
     30 dihedrals
      6 impropers

   4 atom types
   4 bond types
   4 angle types
   5 dihedral types
   2 improper types

    -6.500175062     0.845835562 xlo xhi
    -1.511149263     5.558655371 ylo yhi
    -0.558982917     0.598520538 zlo zhi

Masses

   1  12.011150 # cp
   2  12.011150 # c'
   3  15.999400 # o'
   4   1.007970 # h

Pair Coeffs # lj/cut/coul/long

   1   0.1479999981   3.6170487995 # cp
   2   0.1479999981   3.6170487995 # c'
   3   0.2280000124   2.8597848722 # o'
   4   0.0380000011   2.4499714540 # h

Bond Coeffs # harmonic

   1   480.0000     1.3400 # cp-cp
   2   351.2527     1.4720 # cp-c'
   3   363.4164     1.0800 # cp-h
   4   615.3220     1.2300 # c'-o'

Angle Coeffs # harmonic

   1    90.0000   120.0000 # cp-cp-cp
   2    34.6799   120.0000 # cp-cp-c'
   3    37.0000   120.0000 # cp-cp-h
   4    54.4949   120.0000 # cp-c'-o'

Dihedral Coeffs # harmonic

  1     3.0000  -1   2 # cp-cp-cp-cp
  2     3.0000  -1   2 # cp-cp-cp-h
  3     3.0000  -1   2 # cp-cp-cp-c'
  4     3.0000  -1   2 # c'-cp-cp-h
  5     5.0000  -1   2 # cp-cp-c'-o'

Improper Coeffs # cvff

    1    10.0000  -1   2 # cp-cp-cp-c'
    2     0.3700  -1   2 # cp-cp-cp-h

Atoms # full

      1      1   1  0.179200    -3.948774497     1.284294060    -0.024426766   0   0   0 # cp
      2      1   1 -0.100000    -3.136239982     0.137148980     0.006524419   0   0   0 # cp
      3      1   1  0.179200    -1.740697231     0.228184013     0.037888460   0   0   0 # cp
      4      1   1 -0.100000    -1.153546351     1.505824494     0.037982369   0   0   0 # cp
      5      1   1  0.179200    -1.929843740     2.669120135     0.007700032   0   0   0 # cp
      6      1   1 -0.100000    -3.329528876     2.538624580    -0.023344724   0   0   0 # cp
      7      1   2  0.141400    -1.284383111     4.030157318     0.008262937   0   0   0 # c'
      8      1   2  0.141400    -0.885120473    -1.011149263     0.070805661   0   0   0 # c'
      9      1   2  0.141400    -5.449810566     1.162589263    -0.057910430   0   0   0 # c'
     10      1   3 -0.380000    -1.964974087     5.058655371    -0.018377306   0   0   0 # o'
     11      1   3 -0.380000    -6.000175062     0.058587614    -0.058982917   0   0   0 # o'
     12      1   3 -0.380000     0.345835562    -0.935645870     0.098520538   0   0   0 # o'
     13      1   4  0.100000    -3.617581412    -0.835121395     0.005653906   0   0   0 # h
     14      1   4  0.100000    -0.071145757     1.575223417     0.062321213   0   0   0 # h
     15      1   4  0.100000    -3.930589308     3.441495834    -0.046813017   0   0   0 # h

Bonds

     1   1      1      2
     2   1      1      6
     3   2      1      9
     4   1      2      3
     5   3      2     13
     6   1      3      4
     7   2      3      8
     8   1      4      5
     9   3      4     14
    10   1      5      6
    11   2      5      7
    12   3      6     15
    13   4      7     10
    14   4      8     12
    15   4      9     11

Angles

     1   1      2      1      6
     2   2      2      1      9
     3   2      6      1      9
     4   1      3      2      1
     5   3      3      2     13
     6   3      1      2     13
     7   1      2      3      4
     8   2      2      3      8
     9   2      4      3      8
    10   1      3      4      5
    11   3      3      4     14
    12   3      5      4     14
    13   1      4      5      6
    14   2      4      5      7
    15   2      6      5      7
    16   1      5      6      1
    17   3      5      6     15
    18   3      1      6     15
    19   4      5      7     10
    20   4      3      8     12
    21   4      1      9     11

Dihedrals

     1   1      6      1      2      3
     2   2      6      1      2     13
     3   3      3      2      1      9
     4   4      9      1      2     13
     5   1      2      1      6      5
     6   2      2      1      6     15
     7   3      5      6      1      9
     8   4      9      1      6     15
     9   5      2      1      9     11
    10   5      6      1      9     11
    11   1      1      2      3      4
    12   3      1      2      3      8
    13   2      4      3      2     13
    14   4      8      3      2     13
    15   1      2      3      4      5
    16   2      2      3      4     14
    17   3      5      4      3      8
    18   4      8      3      4     14
    19   5      2      3      8     12
    20   5      4      3      8     12
    21   1      3      4      5      6
    22   3      3      4      5      7
    23   2      6      5      4     14
    24   4      7      5      4     14
    25   1      4      5      6      1
    26   2      4      5      6     15
    27   3      1      6      5      7
    28   4      7      5      6     15
    29   5      4      5      7     10
    30   5      6      5      7     10

Impropers

     1   1      2      1      6      9 
     2   2      3      2      1     13 
     3   1      2      3      4      8 
     4   2      3      4      5     14 
     5   1      4      5      6      7 
     6   2      5      6      1     15 
 

LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.9 / 05 Nov 2018 / CGCMM for ./MPD

     14 atoms
     14 bonds
     20 angles
     28 dihedrals
      6 impropers

   4 atom types
   4 bond types
   4 angle types
   6 dihedral types
   2 improper types

    -3.648562245     3.103698913 xlo xhi
    -3.317255019     3.105876094 ylo yhi
    -0.725924413     0.806716151 zlo zhi

Masses

   1  12.011150 # cp
   2  14.006700 # n
   3   1.007970 # h
   4   1.007970 # hn

Pair Coeffs # lj/cut/coul/long

   1   0.1479999981   3.6170487995 # cp
   2   0.1669999743   3.5012320066 # n
   3   0.0380000011   2.4499714540 # h
   4   0.0000000000   0.0000000000 # hn

Bond Coeffs # harmonic

   1   480.0000     1.3400 # cp-cp
   2   280.0000     1.4200 # cp-n
   3   363.4164     1.0800 # cp-h
   4   483.4512     1.0260 # n-hn

Angle Coeffs # harmonic

   1    90.0000   120.0000 # cp-cp-cp
   2   102.0000   120.0000 # cp-cp-n
   3    37.0000   120.0000 # cp-cp-h
   4    37.5000   115.0000 # cp-n-hn

Dihedral Coeffs # harmonic

  1     3.0000  -1   2 # cp-cp-cp-cp
  2     3.0000  -1   2 # cp-cp-cp-h
  3     3.0000  -1   2 # cp-cp-cp-n
  4     3.0000  -1   2 # n-cp-cp-h
  5     5.0000  -1   2 # cp-cp-n-hn
  6     3.0000  -1   2 # h-cp-cp-h

Improper Coeffs # cvff

    1     0.0000   0   0 # cp-cp-cp-n
    2     0.3700  -1   2 # cp-cp-cp-h

Atoms # full

      1      1   1  0.110000    -1.260060784     0.370419369     0.153539507   0   0   0 # cp
      2      1   1 -0.100000    -0.507738126    -0.808262812     0.190114706   0   0   0 # cp
      3      1   1  0.110000     0.885116994    -0.760483044     0.077319298   0   0   0 # cp
      4      1   1 -0.100000     1.524673931     0.472191472    -0.072478049   0   0   0 # cp
      5      1   1 -0.100000     0.778044416     1.651727682    -0.109566820   0   0   0 # cp
      6      1   1 -0.100000    -0.613422381     1.599585860     0.003473276   0   0   0 # cp
      7      1   2 -0.390000    -2.677855807     0.314566364     0.268937223   0   0   0 # n
      8      1   3  0.100000    -1.014022887    -1.759599237     0.306716151   0   0   0 # h
      9      1   3  0.100000     1.278286704     2.605876094    -0.225924413   0   0   0 # h
     10      1   3  0.100000    -1.176801260     2.524455637    -0.027331065   0   0   0 # h
     11      1   2 -0.390000     1.649477307    -1.960886912     0.114711872   0   0   0 # n
     12      1   3  0.100000     2.603698913     0.522623268    -0.160944862   0   0   0 # h
     13      1   4  0.280000    -3.148562245     1.224588057     0.232081942   0   0   0 # hn
     14      1   4  0.280000     1.097067051    -2.817255019     0.227236343   0   0   0 # hn

Bonds

     1   1      1      2
     2   1      1      6
     3   2      1      7
     4   1      2      3
     5   3      2      8
     6   1      3      4
     7   2      3     11
     8   1      4      5
     9   3      4     12
    10   1      5      6
    11   3      5      9
    12   3      6     10
    13   4      7     13
    14   4     11     14

Angles

     1   1      2      1      6
     2   2      2      1      7
     3   2      6      1      7
     4   1      3      2      1
     5   3      3      2      8
     6   3      1      2      8
     7   1      2      3      4
     8   2      2      3     11
     9   2      4      3     11
    10   1      3      4      5
    11   3      3      4     12
    12   3      5      4     12
    13   1      4      5      6
    14   3      4      5      9
    15   3      6      5      9
    16   1      5      6      1
    17   3      5      6     10
    18   3      1      6     10
    19   4      1      7     13
    20   4      3     11     14

Dihedrals

     1   1      6      1      2      3
     2   2      6      1      2      8
     3   3      3      2      1      7
     4   4      7      1      2      8
     5   1      2      1      6      5
     6   2      2      1      6     10
     7   3      5      6      1      7
     8   4      7      1      6     10
     9   5      2      1      7     13
    10   5      6      1      7     13
    11   1      1      2      3      4
    12   3      1      2      3     11
    13   2      4      3      2      8
    14   4     11      3      2      8
    15   1      2      3      4      5
    16   2      2      3      4     12
    17   3      5      4      3     11
    18   4     11      3      4     12
    19   5      2      3     11     14
    20   5      4      3     11     14
    21   1      3      4      5      6
    22   2      3      4      5      9
    23   2      6      5      4     12
    24   6     12      4      5      9
    25   1      4      5      6      1
    26   2      4      5      6     10
    27   2      1      6      5      9
    28   6      9      5      6     10

Impropers

     1   1      2      1      6      7 
     2   2      3      2      1      8 
     3   1      2      3      4     11 
     4   2      3      4      5     12 
     5   2      4      5      6      9 
     6   2      5      6      1     10 
 

Report abuse

0 Responses

No other responses made.