Changeset 1948


Ignore:
Timestamp:
Nov 15, 2010 12:52:59 PM (11 years ago)
Author:
gah
Message:

add unit cell to molvisviewer

Location:
branches/blt4
Files:
2 added
103 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/blt4/Makefile.in

    r1744 r1948  
    6969distrib:
    7070        $(RM) -r exported
    71         $(MKDIR_P) exported
     71        $(MKDIR_P) -m 0755 exported
    7272        (cd exported; svn export -q $(rappture_repo) rappture)
    7373        tar -C exported -czlf $(rappture_source_tarfile) rappture
     
    7676runtime-distrib:
    7777        $(RM) -r exported
    78         $(MKDIR_P) exported
     78        $(MKDIR_P) -m 0755 exported
    7979        (cd exported; svn export -q $(runtime_repo) runtime)
    8080        tar -C exported -czlf $(runtime_source_tarfile) runtime
  • branches/blt4/examples/3D/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/Makefile.in

    r1466 r1948  
    4040
    4141install:
    42         $(MKDIR_P) $(destdir)
     42        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    4343        for i in $(FILES) ; do \
    44           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     44          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    4545        done
    4646        for i in $(SUBDIRS) ; do \
  • branches/blt4/examples/app-fermi/2.0/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2323
    2424install:
    25         $(MKDIR_P) $(destdir)
     25        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2626        for i in $(FILES) ; do \
    27           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     27          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2828        done
    2929
  • branches/blt4/examples/app-fermi/cee/Makefile.in

    r1082 r1948  
    3737
    3838install: fermi
    39         $(MKDIR_P) $(destdir)
     39        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    4040        for i in $(FILES) ; do \
    41           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     41          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    4242        done
    43         $(INSTALL) -m 555 fermi $(destdir)
     43        $(INSTALL) -m 0555 fermi $(destdir)
    4444
    4545clean:
  • branches/blt4/examples/app-fermi/fortran/Makefile.in

    r1082 r1948  
    3636
    3737install: fermi
    38         $(MKDIR_P) $(destdir)
     38        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3939        for i in $(FILES) ; do \
    40           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     40          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    4141        done
    42         $(INSTALL) -m 555 fermi $(destdir)
     42        $(INSTALL) -m 0555 fermi $(destdir)
    4343
    4444
  • branches/blt4/examples/app-fermi/java/Makefile.in

    r1744 r1948  
    3030
    3131install: all
    32         $(MKDIR_P) $(destdir)
     32        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3333        for i in $(FILES) ; do \
    34           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     34          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3535        done
    3636
  • branches/blt4/examples/app-fermi/matlab/compiled/Makefile.in

    r1222 r1948  
    3535install: ${APPNAME}
    3636        sed s/YOURAPPNAME/$^/ < $(srcdir)/run_app.patch | patch run_$^.sh
    37         $(MKDIR_P) $(destdir)
     37        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3838        for i in $(FILES) ; do \
    39           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     39          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    4040        done
    41         $(INSTALL) -m 444 readme.txt $(destdir)/$^.readme
    42         $(INSTALL) -m 555 run_$^.sh $^ $(destdir)
     41        $(INSTALL) -m 0444 readme.txt $(destdir)/$^.readme
     42        $(INSTALL) -m 0555 run_$^.sh $^ $(destdir)
    4343        $(bindir)/simsim --tool $(srcdir)/tool.xml --values default --nosim --driver driver.$^
    4444        LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:$(libdir) $(destdir)/run_$^.sh /apps/matlab/mcr driver.$^
  • branches/blt4/examples/app-fermi/matlab/uncompiled/Makefile.in

    r1222 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/app-fermi/octave/2/Makefile.in

    r1581 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/app-fermi/octave/3/Makefile.in

    r1581 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/app-fermi/octave/Makefile.in

    r1581 r1948  
    1313
    1414INSTALL         = @INSTALL@
    15 MKDIR_P         = @MKDIR_P@
    1615
    1716all: all_2 all_3
  • branches/blt4/examples/app-fermi/perl/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828clean:
  • branches/blt4/examples/app-fermi/python/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/app-fermi/ruby/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/app-fermi/tcl/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2121all:   
    2222install:
    23         $(MKDIR_P) $(destdir)
     23        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2424        for i in $(FILES) ; do \
    25           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     25          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2626        done
    2727
  • branches/blt4/examples/app-fermi/wrapper/cee/Makefile.in

    r1082 r1948  
    3838
    3939install: fermi
    40         $(MKDIR_P) $(destdir)
     40        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    4141        for i in $(FILES) ; do \
    42           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     42          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    4343        done
    44         $(INSTALL) -m 555 fermi $(destdir)
     44        $(INSTALL) -m 0555 fermi $(destdir)
    4545
    4646clean:
  • branches/blt4/examples/app-fermi/wrapper/perl/Makefile.in

    r1897 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/app-fermi/wrapper/python/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/app-fermi/wrapper/tcl/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2222
    2323install:
    24         $(MKDIR_P) $(destdir)
     24        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2525        for i in $(FILES) ; do \
    26           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     26          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    2727        done
    2828
  • branches/blt4/examples/c-example/Makefile.in

    r1082 r1948  
    6060
    6161install:
    62         $(MKDIR_P) $(destdir)
     62        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    6363        for i in $(FILES) ; do \
    64           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     64          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    6565        done
    6666        for i in $(PROGS) ; do \
    67           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     67          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    6868        done
    6969
  • branches/blt4/examples/canvas/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/flow/Makefile.in

    r1466 r1948  
    3232
    3333install:
    34         $(MKDIR_P) $(destdir)
     34        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3535        for i in $(FILES) ; do \
    36           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     36          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3737        done
    3838        for i in $(examples) ; do \
  • branches/blt4/examples/flow/demo1/Makefile.in

    r1466 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/flow/demo2/Makefile.in

    r1466 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/flow/demo3/Makefile.in

    r1466 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/graph/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/lang/tcl/loadercopy/Makefile.in

    r1226 r1948  
    2626
    2727install:
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232        $(MAKE) -C examples install
  • branches/blt4/examples/lang/tcl/loadercopy/docs/Makefile.in

    r1226 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/lang/tcl/loadercopy/examples/Makefile.in

    r1226 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/objects/axis/Makefile.in

    r1528 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/contour/Makefile.in

    r1528 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/curve/Makefile.in

    r1386 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/dxWriter/Makefile.in

    r1100 r1948  
    4444
    4545install:
    46         $(MKDIR_P) $(destdir)
     46        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    4747        for i in $(FILES) ; do \
    48           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     48          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    4949        done
    5050        for i in $(PROGS) ; do \
    51           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     51          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5252        done
    5353
  • branches/blt4/examples/objects/floatBuffer/Makefile.in

    r1826 r1948  
    4444
    4545install:
    46         $(MKDIR_P) $(destdir)
     46        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    4747        for i in $(FILES) ; do \
    48           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     48          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    4949        done
    5050        for i in $(PROGS) ; do \
    51           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     51          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5252        done
    5353
  • branches/blt4/examples/objects/histogram/Makefile.in

    r1528 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/library/Makefile.in

    r1566 r1948  
    5454
    5555install:
    56         $(MKDIR_P) $(destdir)
     56        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5757        for i in $(FILES) ; do \
    58           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     58          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5959        done
    6060        for i in $(PROGS) ; do \
    61           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     61          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    6262        done
    6363
  • branches/blt4/examples/objects/number/Makefile.in

    r1581 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/path/Makefile.in

    r1528 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/plot/Makefile.in

    r1386 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/scatter/Makefile.in

    r1528 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/string/Makefile.in

    r1386 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/tree/Makefile.in

    r1528 r1948  
    4848
    4949install:
    50         $(MKDIR_P) $(destdir)
     50        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5151        for i in $(FILES) ; do \
    52           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     52          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    5353        done
    5454        for i in $(PROGS) ; do \
    55           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     55          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757
  • branches/blt4/examples/objects/xmlparser/Makefile.in

    r1581 r1948  
    5555
    5656install:
    57         $(MKDIR_P) $(destdir)
     57        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5858        for i in $(FILES) ; do \
    59           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     59          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    6060        done
    6161        for i in $(PROGS) ; do \
    62           $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     62          $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    6363        done
    6464
  • branches/blt4/examples/zoo/binary/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/boolean/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/zoo/choice/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/zoo/cloud/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2727
    2828install:
    29         $(MKDIR_P) $(destdir)
     29        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3030        for i in $(FILES) ; do \
    31           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     31          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3232        done
    3333        $(MAKE) -C matlab install
  • branches/blt4/examples/zoo/cloud/matlab/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/curve/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2626
    2727install:
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232
  • branches/blt4/examples/zoo/datatable/Makefile.in

    r1938 r1948  
    2626install:
    2727        $(MAKE) -C matlab install
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232
  • branches/blt4/examples/zoo/datatable/matlab/Makefile.in

    r1938 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/zoo/enable/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/field/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2626
    2727install:
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232
  • branches/blt4/examples/zoo/filechoice/Makefile.in

    r1695 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/zoo/group/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2626
    2727install:
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232
  • branches/blt4/examples/zoo/image/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2828
    2929install:
    30         $(MKDIR_P) $(destdir)
     30        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3131        for i in $(FILES) ; do \
    32           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     32          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3333        done
    3434        $(MAKE) -C examples install
  • branches/blt4/examples/zoo/image/docs/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/image/examples/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/integer/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/zoo/integer2/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/loader/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2828
    2929install:
    30         $(MKDIR_P) $(destdir)
     30        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3131        for i in $(FILES) ; do \
    32           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     32          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3333        done
    3434        $(MAKE) -C examples install
  • branches/blt4/examples/zoo/loader/examples/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2626
    2727install:
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232
  • branches/blt4/examples/zoo/loadrun/Makefile.in

    r1217 r1948  
    2727
    2828install:
    29         $(MKDIR_P) $(destdir)
     29        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3030        for i in $(FILES) ; do \
    31           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     31          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3232        done
    3333
  • branches/blt4/examples/zoo/log/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/zoo/note/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131        $(MAKE) -C docs install
  • branches/blt4/examples/zoo/note/docs/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/number/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2626
    2727install:
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232
  • branches/blt4/examples/zoo/number2/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/periodicelement/Makefile.in

    r1628 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/phase/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2727
    2828install:
    29         $(MKDIR_P) $(destdir)
     29        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3030        for i in $(FILES) ; do \
    31           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     31          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3232        done
    3333
  • branches/blt4/examples/zoo/sequence/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2727
    2828install:
    29         $(MKDIR_P) $(destdir)
     29        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3030        for i in $(FILES) ; do \
    31           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     31          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3232        done
    3333        $(MAKE) -C examples install
  • branches/blt4/examples/zoo/sequence/examples/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2424
    2525install:
    26         $(MKDIR_P) $(destdir)
     26        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2727        for i in $(FILES) ; do \
    28           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     28          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    2929        done
    3030
  • branches/blt4/examples/zoo/string/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2626
    2727install:
    28         $(MKDIR_P) $(destdir)
     28        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2929        for i in $(FILES) ; do \
    30           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     30          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3131        done
    3232
  • branches/blt4/examples/zoo/structure/Makefile.in

    r1082 r1948  
    3131
    3232install:
    33         $(MKDIR_P) $(destdir)
     33        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3434        for i in $(FILES) ; do \
    35           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     35          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3636        done
    3737        $(MAKE) -C examples install
  • branches/blt4/examples/zoo/structure/examples/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2828
    2929install:
    30         $(MKDIR_P) $(destdir)
     30        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3131        for i in $(FILES) ; do \
    32           $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     32          $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    3333        done
    3434
  • branches/blt4/examples/zoo/table/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/examples/zoo/unirect2d/Makefile.in

    r1259 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/gui/Makefile.in

    r1082 r1948  
    3838
    3939install: install_scripts install_apps
    40         $(MKDIR_P) $(destdir)
     40        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    4141        @for i in $(FILES); do \
    4242            echo "Installing $$i" ; \
    43             $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     43            $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    4444        done
    45         $(INSTALL) -m 444 pkgIndex.tcl $(destdir)
     45        $(INSTALL) -m 0444 pkgIndex.tcl $(destdir)
    4646
    4747install_scripts: scripts
  • branches/blt4/gui/apps/Makefile.in

    r1897 r1948  
    4343
    4444install:
    45         $(MKDIR_P) $(bindir)
     45        $(MKDIR_P) -m 0755 $(bindir)
    4646        @for i in $(SCRIPTS); do \
    4747            echo "Installing $$i" ; \
    48             $(INSTALL) -m 555 $$i $(bindir) ; \
     48            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(bindir) ; \
    4949        done
    5050
  • branches/blt4/gui/scripts/Makefile.in

    r1923 r1948  
    138138
    139139install_scripts:
    140         $(MKDIR_P) $(destdir)
     140        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    141141        @for i in $(FILES); do \
    142142            echo "Installing $$i" ; \
    143             $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     143            $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    144144        done
    145         $(INSTALL) -m 444 tclIndex $(destdir)
     145        $(INSTALL) -m 0444 tclIndex $(destdir)
    146146
    147147install_images:
    148         $(MKDIR_P) $(destdir)/images
     148        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)/images
    149149        @for i in $(srcdir)/images/*.gif $(srcdir)/images/*.png $(srcdir)/images/*.xbm; do \
    150150            echo "Installing $$i" ; \
    151             $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir)/images ; \
     151            $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir)/images ; \
    152152        done
    153153
  • branches/blt4/gui/scripts/molvisviewer.tcl

    r1923 r1948  
    5858    private variable _model
    5959    private variable _mlist
    60     private variable _mrepresentation "ballnstick"
     60    private variable _mrep "ballnstick"
    6161
    6262    private variable _imagecache
     
    8383    private variable _height
    8484    private variable _restore 1;        # Restore camera settings
     85    private variable _cell 0;           # Restore camera settings
    8586
    8687    constructor { hostlist args } {
     
    9596        Rappture::VisViewer::SetServerList "pymol" $namelist
    9697    }
    97     private method BuildViewTab {}
     98    private method BuildSettingsTab {}
    9899    private method DoResize {}
    99100    private method EventuallyResize { w h }
     
    119120    public method ResetView {}
    120121    public method add {dataobj {options ""}}
    121     public method cartoontrace {option {model "all"}}
    122122    public method delete {args}
    123123    public method download {option args}
     
    125125    public method isconnected {}
    126126    public method labels {option {model "all"}}
    127     public method opacity {option {models "all"} }
    128127    public method parameters {title args} {
    129128        # do nothing
    130129    }
    131130    public method snap { w h }
    132     public method spherescale {option {models "all"} }
    133     public method stickradius {option {models "all"} }
    134     public method projection {option}
    135     public method representation {option {model "all"} }
    136     public method rock {option}
     131    private method Opacity {option {models "all"} }
     132    private method SphereScale {option {models "all"} }
     133    private method StickRadius {option {models "all"} }
     134    private method OrthoProjection {option}
     135    private method Representation {option {model "all"} }
     136    private method CartoonTrace {option {model "all"}}
     137    private method Cell {option}
     138    private method Rock {option}
    137139
    138140}
     
    161163    # Rocker
    162164    $_dispatcher register !rocker
    163     $_dispatcher dispatch $this !rocker "[itcl::code $this rock step]; list"
     165    $_dispatcher dispatch $this !rocker "[itcl::code $this Rock step]; list"
    164166    # Mouse Event
    165167    $_dispatcher register !mevent
     
    214216        $this-rock      no
    215217        $this-showlabels no
     218        $this-showcell  yes
    216219        $this-showlabels-initialized no
    217220    }]
     
    279282            -onimage [Rappture::icon molvis-rock-view] \
    280283            -offimage [Rappture::icon molvis-rock-view] \
    281             -command [itcl::code $this rock toggle] \
     284            -command [itcl::code $this Rock toggle] \
    282285            -variable [itcl::scope _settings($this-rock)]
    283286    }
     
    294297
    295298    bind $itk_component(ortho) <ButtonPress> \
    296         [itcl::code $this projection toggle]
    297 
    298     BuildViewTab
     299        [itcl::code $this OrthoProjection toggle]
     300
     301    BuildSettingsTab
    299302
    300303    # HACK ALERT. Initially force a requested width of the 3dview label.
     
    400403}
    401404
    402 itcl::body Rappture::MolvisViewer::BuildViewTab {} {
     405itcl::body Rappture::MolvisViewer::BuildSettingsTab {} {
    403406    set fg [option get $itk_component(hull) font Font]
    404407
    405408    set tab [$itk_component(main) insert end \
    406         -title "View Settings" \
     409        -title "Settings" \
    407410        -icon [Rappture::icon wrench]]
    408411    blt::scrollset $tab.ss \
     
    423426
    424427    radiobutton $inner.bstick -text "balls and sticks" \
    425         -command [itcl::code $this representation ballnstick all] \
     428        -command [itcl::code $this Representation ballnstick all] \
    426429        -variable Rappture::MolvisViewer::_settings($this-model) \
    427430        -value ballnstick -font "Arial 9" -pady 0
     
    430433
    431434    radiobutton $inner.spheres -text "spheres" \
    432         -command [itcl::code $this representation spheres all] \
     435        -command [itcl::code $this Representation spheres all] \
    433436        -variable Rappture::MolvisViewer::_settings($this-model) \
    434437        -value spheres -font "Arial 9" -pady 0
     
    437440
    438441    radiobutton $inner.sticks -text "sticks" \
    439         -command [itcl::code $this representation sticks all] \
     442        -command [itcl::code $this Representation sticks all] \
    440443        -variable Rappture::MolvisViewer::_settings($this-model) \
    441444        -value sticks -font "Arial 9" -pady 0
     
    444447
    445448    radiobutton $inner.lines -text "lines" \
    446         -command [itcl::code $this representation lines all] \
     449        -command [itcl::code $this Representation lines all] \
    447450        -variable [itcl::scope _settings($this-model)] \
    448451        -value lines -font "Arial 9" -pady 0
     
    451454
    452455    radiobutton $inner.cartoon -text "cartoon" \
    453         -command [itcl::code $this representation cartoon all] \
     456        -command [itcl::code $this Representation cartoon all] \
    454457        -variable [itcl::scope _settings($this-model)] \
    455458        -value cartoon -font "Arial 9" -pady 0
     
    460463        -from 0.1 -to 2.0 -resolution 0.05 -label "Sphere Scale" \
    461464        -showvalue true -orient horizontal \
    462         -command [itcl::code $this spherescale] \
     465        -command [itcl::code $this SphereScale] \
    463466        -variable Rappture::MolvisViewer::_settings($this-spherescale)
    464467    $inner.spherescale set $_settings($this-spherescale)
     
    469472        -from 0.1 -to 1.0 -resolution 0.025 -label "Stick Radius" \
    470473        -showvalue true -orient horizontal \
    471         -command [itcl::code $this stickradius] \
     474        -command [itcl::code $this StickRadius] \
    472475        -variable Rappture::MolvisViewer::_settings($this-stickradius)
    473476    Rappture::Tooltip::for $inner.stickradius \
     
    483486
    484487    checkbutton $inner.rock -text "Rock model back and forth" \
    485         -command [itcl::code $this rock toggle] \
     488        -command [itcl::code $this Rock toggle] \
    486489        -variable Rappture::MolvisViewer::_settings($this-rock) \
    487490        -font "Arial 9 bold"
     
    490493
    491494    checkbutton $inner.ortho -text "Orthoscopic projection" \
    492         -command [itcl::code $this projection update] \
     495        -command [itcl::code $this OrthoProjection update] \
    493496        -variable Rappture::MolvisViewer::_settings($this-ortho) \
    494497         -font "Arial 9 bold"
     
    497500
    498501    checkbutton $inner.cartoontrace -text "Cartoon Trace" \
    499         -command [itcl::code $this cartoontrace update] \
     502        -command [itcl::code $this CartoonTrace update] \
    500503        -variable [itcl::scope _settings($this-cartoontrace)] \
    501504        -font "Arial 9 bold"
    502505    Rappture::Tooltip::for $inner.cartoontrace \
    503506        "Set cartoon representation of bonds (sticks)."
     507
     508    checkbutton $inner.cell -text "Cell" \
     509        -command [itcl::code $this Cell toggle] \
     510        -font "Arial 9 bold"
     511    $inner.cell select
    504512
    505513    label $inner.spacer
     
    516524        8,0 $inner.ortho -anchor w -columnspan 4 -pady {1 0} \
    517525        9,0 $inner.cartoontrace -anchor w -columnspan 4 -pady {1 0} \
    518         10,1 $inner.spherescale -fill x -columnspan 4 -pady {1 0} \
     526        10,0 $inner.cell -anchor w -columnspan 4 -pady {1 0} \
     527        11,1 $inner.spherescale -fill x -columnspan 4 -pady {1 0} \
    519528        11,1 $inner.stickradius -fill x -columnspan 4 -pady {1 0} \
    520529
     
    525534    blt::table configure $inner r13 -resize expand
    526535}
    527 
    528536
    529537# ----------------------------------------------------------------------
     
    721729    #blt::bltdebug 100
    722730    set _buffering 1
     731    set _cell 0
    723732
    724733    if { $_restore } {
     
    797806                set _dataobjs($model-$state)  1
    798807            }
    799 
    800808            # lammps dump file overwrites pdb file (change this?)
    801809            set lammpstypemap [$dataobj get components.molecule.lammpstypemap]
     
    848856                }
    849857                set _dataobjs($model-$state) 1
    850             }
     858            }
    851859        }
    852860        if { ![info exists _model($model-transparency)] } {
    853861            set _model($model-transparency) ""
    854862        }
    855         if { ![info exists _model($model-representation)] } {
    856             set _model($model-representation) ""
    857             set _model($model-newrepresentation) $_mrepresentation
     863        if { ![info exists _model($model-rep)] } {
     864            set _model($model-rep) ""
     865            set _model($model-newrep) $_mrep
    858866        }
    859867        if { $_model($model-transparency) != $_dobj2transparency($dataobj) } {
     
    865873            set _active($model) $dataobj
    866874        }
    867     }
    868 
     875        set vectors [$dataobj get components.parallelpiped.vectors]
     876        if { $vectors != "" } {
     877            set rows [ComputeParellelPiped]
     878            regsub -all {,} $vectors { } vectors
     879            set rows {}
     880            foreach { x y z } $vectors {
     881                lappend rows "    \[ $x, $y, $z \]"
     882            }
     883            set rows [join $rows ",\\\n"]
     884            SendCmd "raw -defer {verts = \[$rows\]\n}"
     885            SendCmd "raw -defer {run \$PYMOL_PATH/rappture/box.py\n}"
     886            SendCmd "raw -defer {draw_box(verts)\n}"
     887            set _cell 1
     888        }
     889    }
     890       
    869891    # enable/disable models as required (0=off->off, 1=on->off, 2=off->on,
    870892    # 3=on->on)
     
    884906        if { $_mlist($model) == 1 } {
    885907            if {  [info exists _model($model-newtransparency)] ||
    886                   [info exists _model($model-newrepresentation)] } {
    887                 if { ![info exists _model($model-newrepresentation)] } {
    888                     set _model($model-newrepresentation) $_model($model-representation)
     908                  [info exists _model($model-newrep)] } {
     909                if { ![info exists _model($model-newrep)] } {
     910                    set _model($model-newrep) $_model($model-rep)
    889911                }
    890912                if { ![info exists _model($model-newtransparency)] } {
    891913                    set _model($model-newtransparency) $_model($model-transparency)
    892914                }
    893                 set rep $_model($model-newrepresentation)
     915                set rep $_model($model-newrep)
    894916                set transp $_model($model-newtransparency)
    895917                SendCmd "representation -defer -model $model $rep"
     
    901923                set changed 1
    902924                set _model($model-transparency) $_model($model-newtransparency)
    903                 set _model($model-representation) $_model($model-newrepresentation)
     925                set _model($model-rep) $_model($model-newrep)
    904926                catch {
    905927                    unset _model($model-newtransparency)
    906                     unset _model($model-newrepresentation)
     928                    unset _model($model-newrep)
    907929                }
    908930            }
     
    944966
    945967        # Default settings for all models.
    946         spherescale update
    947         stickradius update
     968        SphereScale update
     969        StickRadius update
    948970        labels update
    949         opacity update
    950         cartoontrace update
    951        
    952         projection update
    953         representation update
     971        Opacity update
     972        CartoonTrace update
     973        Cell update
     974        OrthoProjection update
     975        Representation update
    954976        SendCmd "raw -defer {zoom complete=1}"
    955977        set _restore 0
    956978    }
    957 
     979    set tab [$itk_component(main) panel "Settings"]
     980    set inner $tab.ss.frame
     981    if { $_cell } {
     982        $inner.cell configure -state normal
     983    } else {
     984        $inner.cell configure -state disabled
     985    }
    958986    if { $flush } {
    959987        global readyForNextFrame
     
    9771005itcl::body Rappture::MolvisViewer::Unmap { } {
    9781006    # Pause rocking loop while unmapped (saves CPU time)
    979     rock pause
     1007    Rock pause
    9801008
    9811009    # Blank image, mark current image dirty
     
    9911019    if { [isconnected] } {
    9921020        # Resume rocking loop if it was on
    993         rock unpause
     1021        Rock unpause
    9941022        # Rebuild image if modified, or redisplay cached image if not
    9951023        $_dispatcher event -idle !rebuild
     
    10881116
    10891117# ----------------------------------------------------------------------
    1090 # USAGE: rock on|off|toggle
    1091 # USAGE: rock pause|unpause|step
     1118# USAGE: Rock on|off|toggle
     1119# USAGE: Rock pause|unpause|step
    10921120#
    10931121# Used to control the "rocking" model for the molecule being displayed.
     
    10951123# internal control of the rocking motion.
    10961124# ----------------------------------------------------------------------
    1097 itcl::body Rappture::MolvisViewer::rock { option } {
     1125itcl::body Rappture::MolvisViewer::Rock { option } {
    10981126    # cancel any pending rocks
    10991127    if { [info exists _rocker(afterid)] } {
     
    11191147    }
    11201148    if { $_rocker(on) && $option != "pause" } {
    1121          set _rocker(afterid) [after 200 [itcl::code $this rock step]]
     1149         set _rocker(afterid) [after 200 [itcl::code $this Rock step]]
    11221150    }
    11231151}
     
    13211349
    13221350# ----------------------------------------------------------------------
    1323 # USAGE: representation spheres|ballnstick|lines|sticks
     1351# USAGE: Representation spheres|ballnstick|lines|sticks
    13241352#
    13251353# Used internally to change the molecular representation used to render
    13261354# our scene.
    13271355# ----------------------------------------------------------------------
    1328 itcl::body Rappture::MolvisViewer::representation {option {model "all"} } {
    1329     if { $option == $_mrepresentation } {
     1356itcl::body Rappture::MolvisViewer::Representation {option {model "all"} } {
     1357    if { $option == $_mrep } {
    13301358        return
    13311359    }
     
    13381366        set _settings($this-modelimg) [Rappture::icon $option]
    13391367    }
    1340     set tab [$itk_component(main) panel "View Settings"]
     1368    set tab [$itk_component(main) panel "Settings"]
    13411369    set inner $tab.ss.frame
    13421370    $inner.pict configure -image $_settings($this-modelimg)
     
    13451373    # This method gets called without the user clicking on a radiobutton.
    13461374    set _settings($this-model) $option
    1347     set _mrepresentation $option
     1375    set _mrep $option
    13481376
    13491377    if { $model == "all" } {
     
    13541382
    13551383    foreach model $models {
    1356         if { [info exists _model($model-representation)] } {
    1357             if { $_model($model-representation) != $option } {
    1358                 set _model($model-newrepresentation) $option
     1384        if { [info exists _model($model-rep)] } {
     1385            if { $_model($model-rep) != $option } {
     1386                set _model($model-newrep) $option
    13591387            } else {
    1360                 catch { unset _model($model-newrepresentation) }
     1388                catch { unset _model($model-newrep) }
    13611389            }
    13621390        }
     
    13701398
    13711399# ----------------------------------------------------------------------
    1372 # USAGE: projection on|off|toggle
    1373 # USAGE: projection update
     1400# USAGE: OrthoProjection on|off|toggle
     1401# USAGE: OrthoProjection update
    13741402#
    13751403# Used internally to turn labels associated with atoms on/off, and to
    13761404# update the positions of the labels so they sit on top of each atom.
    13771405# ----------------------------------------------------------------------
    1378 itcl::body Rappture::MolvisViewer::projection {option} {
     1406itcl::body Rappture::MolvisViewer::OrthoProjection {option} {
    13791407    switch -- $option {
    13801408        "orthoscopic" {
     
    14101438        set _settings($this-ortho) 0
    14111439        SendCmd "orthoscopic off"
     1440    }
     1441}
     1442
     1443# ----------------------------------------------------------------------
     1444# USAGE: Cell on|off|toggle
     1445#
     1446# Used internally to turn labels associated with atoms on/off, and to
     1447# update the positions of the labels so they sit on top of each atom.
     1448# ----------------------------------------------------------------------
     1449itcl::body Rappture::MolvisViewer::Cell {option} {
     1450    switch -- $option {
     1451        "on" - "off" {
     1452            set cell $option
     1453        }
     1454        "toggle" {
     1455            set cell [expr {$_settings($this-showcell) == 0}]
     1456        }
     1457        "update" {
     1458            set cell $_settings($this-showcell)
     1459        }
     1460        default {
     1461            error "bad option \"$option\": should be on, off, toggle, or update"
     1462        }
     1463    }
     1464    if { $cell == $_settings($this-showcell) && $option != "update"} {
     1465        # nothing to do
     1466        return
     1467    }
     1468    if { $cell } {
     1469        Rappture::Tooltip::for $itk_component(ortho) \
     1470            "Hide the cell."
     1471        set _settings($this-showcell) 1
     1472        SendCmd "raw {show everything,unitcell}"
     1473    } else {
     1474        Rappture::Tooltip::for $itk_component(ortho) \
     1475            "Show the cell."
     1476        set _settings($this-showcell) 0
     1477        SendCmd "raw {hide everything,unitcell}"
    14121478    }
    14131479}
     
    16951761
    16961762# ----------------------------------------------------------------------
    1697 # USAGE: spherescale radius ?model?
    1698 #        spherescale update ?model?
     1763# USAGE: SphereScale radius ?model?
     1764#        SphereScale update ?model?
    16991765#
    17001766# Used internally to change the molecular atom scale used to render
     
    17051771# ----------------------------------------------------------------------
    17061772
    1707 itcl::body Rappture::MolvisViewer::spherescale { option {models "all"} } {
     1773itcl::body Rappture::MolvisViewer::SphereScale { option {models "all"} } {
    17081774    if { $option == "update" } {
    17091775        set radius $_settings($this-spherescale)
     
    17311797
    17321798# ----------------------------------------------------------------------
    1733 # USAGE: stickradius radius ?models?
    1734 #        stickradius update ?models?
     1799# USAGE: StickRadius radius ?models?
     1800#        StickRadius update ?models?
    17351801#
    17361802# Used internally to change the stick radius used to render
     
    17411807# ----------------------------------------------------------------------
    17421808
    1743 itcl::body Rappture::MolvisViewer::stickradius { option {models "all"} } {
     1809itcl::body Rappture::MolvisViewer::StickRadius { option {models "all"} } {
    17441810    if { $option == "update" } {
    17451811        set radius $_settings($this-stickradius)
     
    17671833
    17681834# ----------------------------------------------------------------------
    1769 # USAGE: opacity value ?models?
    1770 #        opacity update ?models?
     1835# USAGE: Opacity value ?models?
     1836#        Opacity update ?models?
    17711837#
    17721838# Used internally to change the opacity (transparency) used to render
     
    17771843# ----------------------------------------------------------------------
    17781844
    1779 itcl::body Rappture::MolvisViewer::opacity { option {models "all"} } {
     1845itcl::body Rappture::MolvisViewer::Opacity { option {models "all"} } {
    17801846    if { $option == "update" } {
    17811847        set opacity $_settings($this-opacity)
     
    18351901
    18361902# ----------------------------------------------------------------------
    1837 # USAGE: cartoontrace on|off|toggle
    1838 # USAGE: cartoontrace update
     1903# USAGE: CartoonTrace on|off|toggle
     1904# USAGE: CartoonTrace update
    18391905#
    18401906# Used internally to turn labels associated with atoms on/off, and to
    18411907# update the positions of the labels so they sit on top of each atom.
    18421908# ----------------------------------------------------------------------
    1843 itcl::body Rappture::MolvisViewer::cartoontrace {option {models "all"}} {
     1909itcl::body Rappture::MolvisViewer::CartoonTrace {option {models "all"}} {
    18441910    set trace $_settings($this-cartoontrace)
    18451911    if { $option == "update" } {
     
    19802046    return $img
    19812047}
     2048
     2049itcl::body Rappture::MolvisViewer::ComputeParallelPiped { dataobj } {
     2050    set scale [$dataobj get components.parallelpiped.scale]
     2051    set n [llength $scale]
     2052    if { $n == 1 } {
     2053        set sx [lindex $scale 0]
     2054        set sy [lindex $scale 0]
     2055        set sz [lindex $scale 0]
     2056    } else { $n == 2 } {
     2057        set sx [lindex $scale 0]
     2058        set sy [lindex $scale 1]
     2059        set sz 1.0
     2060    } else { $n == 3 } {
     2061        set sx [lindex $scale 0]
     2062        set sy [lindex $scale 1]
     2063        set sz [lindex $scale 2]
     2064    }
     2065    set scale [$dataobj get components.parallelpiped.origin]
     2066    set n [llength $origin]
     2067    set x0 0.0
     2068    set y0 0.0
     2069    set z0 0.0
     2070    if { $n == 1 } {
     2071        set x0 [lindex $origin 0]
     2072    } else { $n == 2 } {
     2073        set x0 [lindex $scale 0]
     2074        set y0 [lindex $scale 1]
     2075    } else { $n == 3 } {
     2076        set x0 [lindex $scale 0]
     2077        set y0 [lindex $scale 1]
     2078        set z0 [lindex $scale 2]
     2079    }
     2080    set vectors [$dataobj get components.parallelpiped.vectors]
     2081    regexp -all {,} $vectors {} vectors
     2082    regexp -all {;} $vectors {\n} vectors
     2083   
     2084# -----------------------------------------------------------------------------
     2085# vscale --
     2086#
     2087# Takes: List a and list b
     2088# Returns: A new list with the components of a scaled by the components of b
     2089# -----------------------------------------------------------------------------
     2090
     2091proc vscale {a b} {
     2092   set nl []
     2093   lappend nl [expr [lindex $a 0]*[lindex $b 0]]
     2094   lappend nl [expr [lindex $a 1]*[lindex $b 0]]
     2095   lappend nl [expr [lindex $a 2]*[lindex $b 0]]
     2096   return $nl
     2097}
     2098
     2099   set v1 [blt::vector create v1]
     2100   $v1 length 3
     2101   $v1 set [lindex $vectors 1]
     2102   $v1 expr v1 * $
     2103   # Scale lattice vectors
     2104   set vec1 [vscale $uc(lv1) $uc(alatt)]
     2105   set vec2 [vscale $uc(lv2) $uc(alatt)]
     2106   set vec3 [vscale $uc(lv3) $uc(alatt)]
     2107   # Scale lattice vectors
     2108   set vec1 [vscale $uc(lv1) $uc(alatt)]
     2109   set vec2 [vscale $uc(lv2) $uc(alatt)]
     2110   set vec3 [vscale $uc(lv3) $uc(alatt)]
     2111
     2112   # Build list of unit cell vertices
     2113   set vlist []
     2114   lappend vlist [list 0.0 0.0 0.0]               ;# O
     2115   lappend vlist $vec1                            ;# O+a
     2116   lappend vlist $vec2                            ;# O+b
     2117   lappend vlist $vec3                            ;# O+c
     2118   lappend vlist [vsum [lindex $vlist 1] $vec2]   ;# O+a+b
     2119   lappend vlist [vsum [lindex $vlist 4] $vec3]   ;# O+a+b+c
     2120   lappend vlist [vsum [lindex $vlist 2] $vec3]   ;# O+b+c
     2121   lappend vlist [vsum [lindex $vlist 1] $vec3]   ;# O+a+c
     2122}
  • branches/blt4/instant/Makefile.in

    r1745 r1948  
    9090
    9191install-scripts: tclIndex
    92         $(MKDIR_P) $(destdir)
    93         $(INSTALL) -m 444 tclIndex $(destdir)
    94         $(MKDIR_P) $(bindir)
     92        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
     93        $(INSTALL) -m 0444 tclIndex $(destdir)
     94        $(MKDIR_P) -m 0755 $(bindir)
    9595        @for i in $(SCRIPTS); do \
    9696            echo "Installing $$i" ; \
    97             $(INSTALL) -m 555 $$i $(bindir) ; \
     97            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(bindir) ; \
    9898        done
    9999
    100100install-files: $(FILES)
    101         $(MKDIR_P) $(destdir)
     101        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    102102        @for i in $(FILES); do \
    103103            echo "Installing $$i" ; \
    104             $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir) ; \
     104            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir) ; \
    105105        done
    106106
    107107install-images: $(IMAGEFILES)
    108         $(MKDIR_P) $(destdir)/images
     108        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)/images
    109109        @for i in $(IMAGEFILES); do \
    110110            echo "Installing $$i" ; \
    111             $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir)/images ; \
     111            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir)/images ; \
    112112        done
    113113
    114114install-objects: $(OBJECTFILES)
    115         $(MKDIR_P) $(destdir)/objects
     115        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)/objects
    116116        @for i in $(OBJECTFILES); do \
    117117            echo "Installing $$i" ; \
    118             $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir)/objects ; \
     118            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir)/objects ; \
    119119        done
    120120
    121121install-types: $(TYPEFILES)
    122         $(MKDIR_P) $(destdir)/types
     122        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)/types
    123123        @for i in $(TYPEFILES); do \
    124124            echo "Installing $$i" ; \
    125             $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir)/types ; \
     125            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir)/types ; \
    126126        done
    127127
    128128install-validations: $(VALIDATEFILES)
    129         $(MKDIR_P) $(destdir)/validations
     129        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)/validations
    130130        @for i in $(VALIDATEFILES); do \
    131131            echo "Installing $$i" ; \
    132             $(INSTALL) -m 555 $$i $(destdir)/validations ; \
     132            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(destdir)/validations ; \
    133133        done
    134134
  • branches/blt4/lang/java/Makefile.in

    r1744 r1948  
    102102
    103103install-library:  $(shared_lib)
    104         $(MKDIR_P) $(libdir)
    105         $(INSTALL) -m 555 $(shared_lib) $(libdir)
     104        $(MKDIR_P) -m 0755 $(libdir)
     105        $(INSTALL) -m 0555 $(shared_lib) $(libdir)
    106106
    107107install-classfiles:
  • branches/blt4/lang/java/rappture/Makefile.in

    r1744 r1948  
    5757
    5858install: $(CLASSFILES)
    59         $(MKDIR_P) $(packagedir)
     59        $(MKDIR_P) -m 0755 $(packagedir)
    6060        for i in $(CLASSFILES) ; do \
    61             $(INSTALL) -m 444 $$i $(packagedir) ; \
     61            $(INSTALL) -m 0444 $$i $(packagedir) ; \
    6262        done
    6363
  • branches/blt4/lang/matlab/Makefile.in

    r1228 r1948  
    8080
    8181install: $(OBJS)
    82         $(MKDIR_P) $(destdir)
     82        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    8383        for i in $(OBJS) ; do \
    84           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     84          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    8585        done
    8686
  • branches/blt4/lang/octave/Makefile.in

    r1888 r1948  
    1111
    1212INSTALL         = @INSTALL@
    13 MKDIR_P         = @MKDIR_P@
    1413RM              = rm -f
    1514OCTAVE2         = @OCTAVE2@
  • branches/blt4/lang/octave/octave2/Makefile.in

    r1888 r1948  
    7272
    7373install: $(OBJS)
    74         $(MKDIR_P) $(destdir)
     74        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    7575        for i in $(OBJS) ; do \
    76           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     76          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    7777        done
    7878
  • branches/blt4/lang/octave/octave3/Makefile.in

    r1888 r1948  
    7272
    7373install: $(OBJS)
    74         $(MKDIR_P) $(destdir)
     74        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    7575        for i in $(OBJS) ; do \
    76           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     76          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    7777        done
    7878
  • branches/blt4/lang/perl/Makefile.in

    r1897 r1948  
    9696
    9797install: $(lib) $(bootstrap) $(man) $(pod)
    98         $(MKDIR_P) $(destdir)
    99         $(INSTALL) -m 555 $(lib) $(destdir)
    100         $(INSTALL) -m 444 $(srcdir)/lib/Rappture.pm $(destdir)
    101         $(INSTALL) -m 444 $(bootstrap) $(destdir)
    102         $(INSTALL) -m 444 $(man) $(destdir)
    103         $(INSTALL) -m 444 $(pod) $(destdir)
     98        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
     99        $(INSTALL) -m 0555 $(lib) $(destdir)
     100        $(INSTALL) -m 0444 $(srcdir)/lib/Rappture.pm $(destdir)
     101        $(INSTALL) -m 0444 $(bootstrap) $(destdir)
     102        $(INSTALL) -m 0444 $(man) $(destdir)
     103        $(INSTALL) -m 0444 $(pod) $(destdir)
    104104
    105105clean:
     
    118118pkgtmp:
    119119        $(RM) -r $(pkg_build_dir)
    120         $(MKDIR_P) $(pkg_build_dir)
     120        $(MKDIR_P) -m 0755 $(pkg_build_dir)
    121121        cp -p Makefile.PL $(pkg_build_dir)/Makefile.PL
    122122        tar -C $(srcdir) -clf - . | tar -C $(pkg_build_dir) -xpf -
  • branches/blt4/lang/python/Makefile.in

    r1614 r1948  
    3737
    3838build/tmp:
    39         $(MKDIR_P) build/tmp
     39        $(MKDIR_P) -m 0755 build/tmp
    4040        $(LN_S) $(srcdir2)/Rappture/*.cc build/tmp
    4141
    4242install:
    43         $(MKDIR_P) $(pythonlib)
     43        $(MKDIR_P) -m 0755 $(pythonlib)
    4444        $(PYTHON) setup.py install --install-lib=$(pythonlib)
    4545
  • branches/blt4/lang/ruby/Makefile.in

    r1100 r1948  
    7171                $(LIB_SEARCH_DIRS) $(LIBS)
    7272install: $(lib)
    73         $(MKDIR_P) $(destdir)
    74         $(INSTALL) -m 555 $(lib) $(destdir)
     73        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
     74        $(INSTALL) -m 0555 $(lib) $(destdir)
    7575
    7676clean:
  • branches/blt4/lang/tcl/Makefile.in

    r1614 r1948  
    5050
    5151install:
    52         $(MKDIR_P) $(destdir)
     52        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5353        $(INSTALL) -m 0444 pkgIndex.tcl $(destdir)
    5454        $(MAKE) -C src install
  • branches/blt4/lang/tcl/scripts/Makefile.in

    r1643 r1948  
    5151
    5252install: tclIndex
    53         $(MKDIR_P) $(destdir)
     53        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    5454        for i in $(FILES); do \
    55             $(INSTALL) -m 444 $$i $(destdir) ; \
     55            $(INSTALL) -m 0444 $$i $(destdir) ; \
    5656        done
    5757        $(INSTALL) -m 0444 tclIndex $(destdir)
  • branches/blt4/lang/tcl/src/Makefile.in

    r1932 r1948  
    9090
    9191install: $(lib)
    92         $(MKDIR_P) $(destdir)
    93         $(INSTALL) -m 555 $(lib) $(destdir)
     92        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
     93        $(INSTALL) -m 0555 $(lib) $(destdir)
    9494
    9595.cc.o:
  • branches/blt4/lib/Makefile.in

    r1082 r1948  
    2525
    2626install:
    27         $(MKDIR_P) $(destdir)
     27        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    2828        for i in $(FILES) ; do \
    29           $(INSTALL) -m 444  $$i $(destdir) ; \
     29          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(destdir) ; \
    3030        done
    3131
  • branches/blt4/packages/vizservers/Makefile.in

    r1358 r1948  
    3030
    3131install:
    32         $(MKDIR_P) $(destdir)
     32        $(MKDIR_P) -m 0755 $(destdir)
    3333        for i in $(SUBDIRS) ; do \
    3434          $(MAKE) -C $$i install || exit 1 ; \
    3535        done
    36         $(INSTALL) -m 555 start_viz.sh $(bindir)/start_viz.sh
     36        $(INSTALL) -m 0555 start_viz.sh $(bindir)/start_viz.sh
    3737
    3838clean:
  • branches/blt4/packages/vizservers/nanovis/Makefile.in

    r1933 r1948  
    272272
    273273install-resources:
    274         $(MKDIR_P) $(libdir)/resources
     274        $(MKDIR_P) -m 0755 $(libdir)/resources
    275275        @for i in $(resources) ; do \
    276276            echo "installing $$i..." ; \
     
    279279
    280280install-shaders:
    281         $(MKDIR_P) $(libdir)/shaders
     281        $(MKDIR_P) -m 0755 $(libdir)/shaders
    282282        @for i in $(shaders) ; do \
    283283            echo "installing $$i..." ; \
  • branches/blt4/packages/vizservers/pymolproxy/Makefile.in

    r1114 r1948  
    3131LIBS            = $(TCL_LIB_SPEC)
    3232
     33SCRIPTS         = $(srcdir)/scripts/box.py
     34
    3335all: $(TARGETS)
    3436
     
    3941        $(CC) $(CC_SWITCHES) -o $@ -c $<
    4042
    41 install: pymolproxy
    42         $(MKDIR_P) $(bindir)
    43         $(INSTALL) -m 555 pymolproxy $(bindir)/pymolproxy
    44         $(INSTALL) -m 555 $(srcdir)/pymol $(bindir)/pymol
     43install: install-pymolproxy install-scripts
     44
     45install-pymolproxy: pymolproxy
     46        $(MKDIR_P) -m 0755 $(bindir)
     47        $(INSTALL) -m 0555 pymolproxy $(bindir)/pymolproxy
     48        $(INSTALL) -m 0555 $(srcdir)/pymol $(bindir)/pymol
     49
     50install-scripts:
     51        $(MKDIR_P) -m 0755 $(libdir)/pymol/rappture
     52        for i in $(SCRIPTS) ; do \
     53            $(INSTALL) -m 0555 $$i $(libdir)/pymol/rappture; \
     54        done
    4555
    4656clean:
  • branches/blt4/packages/vizservers/pymolproxy/pymolproxy.c

    r1840 r1948  
    9696
    9797static FILE *flog;
    98 static int debug = FALSE;
     98static int debug = TRUE;
    9999static FILE *scriptFile;
    100100static int savescript = FALSE;
     
    149149                                         * are in the front of the list. */
    150150
    151     int serverInput, serverOutput, serverError;  /* Server file descriptors. */
    152     int clientInput, clientOutput;      /* Client file descriptors. */
     151    int sin, sout, serr;                /* Server file descriptors. */
     152    int cin, cout;                      /* Client file descriptors. */
    153153    ReadBuffer client;                  /* Read buffer for client input. */
    154154    ReadBuffer server;                  /* Read buffer for server output. */
     
    651651    /* Write the command out to the server. */
    652652    length = strlen(buffer);
    653     nWritten = write(proxyPtr->serverInput, buffer, length);
     653    nWritten = write(proxyPtr->sin, buffer, length);
    654654    if (nWritten != length) {
    655655        trace("short write to pymol (wrote=%d, should have been %d)",
     
    18371837       
    18381838static int
    1839 ProxyInit(int c_in, int c_out, char *const *argv)
     1839ProxyInit(int cin, int cout, char *const *argv)
    18401840{
    18411841    int status, result = 0;
    1842     int serverIn[2];
    1843     int serverOut[2];
    1844     int serverErr[2];
     1842    int sin[2];
     1843    int sout[2];
     1844    int serr[2];
    18451845    Tcl_Interp *interp;
    18461846    int child;
     
    18511851     * each for the applications's: stdin, stdout, and stderr  */
    18521852
    1853     if (pipe(serverIn) == -1)
     1853    if (pipe(sin) == -1)
    18541854        return -1;
    18551855
    1856     if (pipe(serverOut) == -1) {
    1857         close(serverIn[0]);
    1858         close(serverIn[1]);
     1856    if (pipe(sout) == -1) {
     1857        close(sin[0]);
     1858        close(sin[1]);
    18591859        return -1;
    18601860    }
    18611861
    1862     if (pipe(serverErr) == -1) {
    1863         close(serverIn[0]);
    1864         close(serverIn[1]);
    1865         close(serverOut[0]);
    1866         close(serverOut[1]);
     1862    if (pipe(serr) == -1) {
     1863        close(sin[0]);
     1864        close(sin[1]);
     1865        close(sout[0]);
     1866        close(sout[1]);
    18671867        return -1;
    18681868    }
     
    18891889        /* Redirect stdin, stdout, and stderr to pipes before execing */
    18901890
    1891         dup2(serverIn[0], 0);  // stdin
    1892         dup2(serverOut[1],1);  // stdout
    1893         dup2(serverErr[1],2);  // stderr
     1891        dup2(sin[0], 0);  // stdin
     1892        dup2(sout[1],1);  // stdout
     1893        dup2(serr[1],2);  // stderr
    18941894       
    18951895        /* Close all other descriptors  */       
     
    19051905
    19061906    /* close opposite end of pipe, these now belong to the child process  */
    1907     close(serverIn[0]);
    1908     close(serverOut[1]);
    1909     close(serverErr[1]);
     1907    close(sin[0]);
     1908    close(sout[1]);
     1909    close(serr[1]);
    19101910
    19111911    signal(SIGPIPE, SIG_IGN); /* ignore SIGPIPE (e.g. nanoscale terminates)*/
    19121912
    19131913    memset(&proxy, 0, sizeof(PymolProxy));
    1914     proxy.serverInput  = serverIn[1];
    1915     proxy.serverOutput = serverOut[0];
    1916     proxy.serverError = serverErr[0];
    1917     proxy.clientInput  = c_in;
    1918     proxy.clientOutput = c_out;
     1914    proxy.sin  = sin[1];
     1915    proxy.sout = sout[0];
     1916    proxy.serr = serr[0];
     1917    proxy.cin  = cin;
     1918    proxy.cout = cout;
    19191919    proxy.flags = CAN_UPDATE;
    19201920    proxy.frame = 1;
     
    19581958    PollForEvents(&proxy);
    19591959
    1960     close(proxy.clientOutput);
    1961     close(proxy.serverOutput);
    1962     close(proxy.serverError);
    1963     close(proxy.clientInput);
    1964     close(proxy.serverInput);
     1960    close(proxy.cout);
     1961    close(proxy.sout);
     1962    close(proxy.serr);
     1963    close(proxy.cin);
     1964    close(proxy.sin);
    19651965
    19661966    status = waitpid(child, &result, WNOHANG);
     
    20252025    int flags;
    20262026
    2027     flags = fcntl(proxyPtr->clientInput, F_GETFL);
    2028     fcntl(proxyPtr->clientInput, F_SETFL, flags|O_NONBLOCK);
    2029 
    2030     pollResults[0].fd = proxyPtr->clientOutput;
    2031     pollResults[1].fd = proxyPtr->serverOutput;
    2032     pollResults[2].fd = proxyPtr->serverError;
     2027    flags = fcntl(proxyPtr->cin, F_GETFL);
     2028    fcntl(proxyPtr->cin, F_SETFL, flags|O_NONBLOCK);
     2029
     2030    pollResults[0].fd = proxyPtr->cout;
     2031    pollResults[1].fd = proxyPtr->sout;
     2032    pollResults[2].fd = proxyPtr->serr;
    20332033    pollResults[0].events = pollResults[1].events =
    20342034        pollResults[2].events = POLLIN;
    20352035
    2036     pollResults[3].fd = proxyPtr->clientInput;
     2036    pollResults[3].fd = proxyPtr->cin;
    20372037    pollResults[3].events = POLLOUT;
    20382038
    2039     InitBuffer(&proxyPtr->client, proxyPtr->clientOutput);
    2040     InitBuffer(&proxyPtr->server, proxyPtr->serverOutput);
     2039    InitBuffer(&proxyPtr->client, proxyPtr->cout);
     2040    InitBuffer(&proxyPtr->server, proxyPtr->sout);
    20412041
    20422042    Tcl_DStringInit(&clientCmds);
     
    21802180    return;
    21812181}
     2182
  • branches/blt4/src/Makefile.in

    r1371 r1948  
    5353
    5454docs:
    55         $(MKDIR_P) docs/doxygen
     55        $(MKDIR_P) -m 0755 docs/doxygen
    5656        doxygen
    5757
  • branches/blt4/src/core/Makefile.in

    r1897 r1948  
    179179
    180180install_headers:
    181         $(MKDIR_P) $(incdir)
     181        $(MKDIR_P) -m 0755 $(incdir)
    182182        for i in $(HEADERS) ; do \
    183           $(INSTALL) -m 444  $(srcdir)/$$i $(incdir) ; \
     183          $(INSTALL) -m 0444  $(srcdir)/$$i $(incdir) ; \
    184184        done
    185185        for i in $(LOCAL_HEADERS) ; do \
    186           $(INSTALL) -m 444  $$i $(incdir) ; \
     186          $(INSTALL) -m 0444  $$i $(incdir) ; \
    187187        done
    188188
  • branches/blt4/src/core2/Makefile.in

    r1897 r1948  
    101101
    102102install_libs: $(lib) $(shared_lib)
    103         $(MKDIR_P) $(libdir)
    104         $(INSTALL) -m 444 $(lib) $(libdir)
    105         $(INSTALL) -m 555 $(shared_lib) $(libdir)
     103        $(MKDIR_P) -m 0755 $(libdir)
     104        $(INSTALL) -m 0444 $(lib) $(libdir)
     105        $(INSTALL) -m 0555 $(shared_lib) $(libdir)
    106106
    107107# This is no manual page for rappture yet.
    108108install_man:
    109         $(MKDIR_P) $(man3dir)
    110         $(INSTALL) -m 444 rappture.3 $(man3dir)
     109        $(MKDIR_P) -m 0755 $(man3dir)
     110        $(INSTALL) -m 0444 rappture.3 $(man3dir)
    111111
    112112install_headers:
    113         $(MKDIR_P) $(includedir)/rappture2
     113        $(MKDIR_P) -m 0755 $(includedir)/rappture2
    114114        for i in $(HEADERS) ; do \
    115           $(INSTALL) -m 444 $(srcdir)/$$i $(includedir)/rappture2; \
     115          $(INSTALL) -m 0444 $(srcdir)/$$i $(includedir)/rappture2; \
    116116        done
    117117
     
    142142
    143143docs:
    144         $(MKDIR_P) ../../docs/rappture2
     144        $(MKDIR_P) -m 0755 ../../docs/rappture2
    145145        doxygen
    146146
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.