Ignore:
Timestamp:
Jun 26, 2008 7:46:14 PM (14 years ago)
Author:
liveletlive
Message:

Added changes to accomodate gaussian profiles and random number distribution selection on a per gene basis.
also changed the mutation to a per gene based mutation if specified.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/packages/optimizer/src/plugin_pgapack.c

    r1067 r1070  
    291291            case RP_OPTIMPARAM_NUMBER:
    292292                numPtr = (RpOptimParamNumber*)envPtr->paramList[n];
    293                 dval = PGARandom01(ctx,0);
    294                 newParamPtr[n].value.dval =
     293                if(numPtr->randdist == RAND_NUMBER_DIST_UNIFORM){
     294                        dval = PGARandom01(ctx,0);
     295                        newParamPtr[n].value.dval =
    295296                    (numPtr->max - numPtr->min)*dval + numPtr->min;
     297                }else if(numPtr->randdist == RAND_NUMBER_DIST_GAUSSIAN){
     298                                dval = PGARandomGaussian(ctx,numPtr->mean,numPtr->stddev);
     299                                if(numPtr->strictmax){
     300                                        if(dval>numPtr->max){
     301                                                dval = numPtr->max;
     302                                        }
     303                                }
     304                                if(numPtr->strictmin){
     305                                        if(dval<numPtr->min){
     306                                                dval = numPtr->min;
     307                                        }
     308                                }
     309                                newParamPtr[n].value.dval = dval;
     310                }else{
     311                        panic("Incorrect Random Number distribution option in PgapcreateString()");
     312                }
    296313                break;
    297314            case RP_OPTIMPARAM_STRING:
     
    325342    int count = 0;    /* number of mutations */
    326343
    327     int n, ival;
     344    int n, ival,tempmr;
    328345    RpOptimEnv *envPtr;
    329346    RpOptimParam *paramPtr;
     
    335352
    336353    for (n=0; n < envPtr->numParams; n++) {
    337         if (PGARandomFlip(ctx, mr)) {
    338             /* won the coin toss -- change this parameter */
    339             count++;
     354
    340355
    341356            switch (paramPtr[n].type) {
    342357            case RP_OPTIMPARAM_NUMBER:
    343                 /* bump the value up/down a little, randomly */
    344                 if (PGARandomFlip(ctx, 0.5)) {
    345                     paramPtr[n].value.dval += 0.1*paramPtr[n].value.dval;
    346                 } else {
    347                     paramPtr[n].value.dval -= 0.1*paramPtr[n].value.dval;
     358                numPtr = (RpOptimParamNumber*)envPtr->paramList[n];
     359                if(numPtr->mutnrate!=PARAM_NUM_UNSPEC_MUTN_RATE){
     360                        tempmr = numPtr->mutnrate;
     361                }else{
     362                        tempmr = mr;
    348363                }
    349                 /* make sure the resulting value is still in bounds */
    350                 numPtr = (RpOptimParamNumber*)envPtr->paramList[n];
    351                 if (paramPtr[n].value.dval > numPtr->max) {
    352                     paramPtr[n].value.dval = numPtr->max;
    353                 }
    354                 if (paramPtr[n].value.dval < numPtr->min) {
    355                     paramPtr[n].value.dval = numPtr->min;
     364                if (PGARandomFlip(ctx, tempmr)) {
     365                            /* won the coin toss -- change this parameter */
     366                                count++;
     367                               
     368                        /* bump the value up/down a little, randomly */
     369                        if (PGARandomFlip(ctx, 0.5)) {
     370                            paramPtr[n].value.dval += 0.1*paramPtr[n].value.dval;
     371                        } else {
     372                            paramPtr[n].value.dval -= 0.1*paramPtr[n].value.dval;
     373                        }
     374                        /* make sure the resulting value is still in bounds */
     375                        if(numPtr->randdist == RAND_NUMBER_DIST_UNIFORM ||
     376                         (numPtr->randdist == RAND_NUMBER_DIST_GAUSSIAN && numPtr->strictmax)){
     377                                if (paramPtr[n].value.dval > numPtr->max) {
     378                                    paramPtr[n].value.dval = numPtr->max;
     379                                }
     380                         }
     381                         /*also make sure it obeys configured parameters when gaussian*/
     382                         if(numPtr->randdist == RAND_NUMBER_DIST_UNIFORM ||
     383                         (numPtr->randdist == RAND_NUMBER_DIST_GAUSSIAN && numPtr->strictmin)){
     384                                if (paramPtr[n].value.dval < numPtr->min) {
     385                                    paramPtr[n].value.dval = numPtr->min;
     386                                }
     387                         }
     388                       
    356389                }
    357390                break;
     391               
    358392
    359393            case RP_OPTIMPARAM_STRING:
    360                 ival = paramPtr[n].value.sval.num;
    361                 if (PGARandomFlip(ctx, 0.5)) {
    362                     ival += 1;
    363                 } else {
    364                     ival -= 1;
    365                 }
    366                 strPtr = (RpOptimParamString*)envPtr->paramList[n];
    367                 if (ival < 0) ival = 0;
    368                 if (ival >= strPtr->numValues) ival = strPtr->numValues-1;
    369                 paramPtr[n].value.sval.num = ival;
    370                 paramPtr[n].value.sval.str = strPtr->values[ival];
    371                 break;
    372 
     394                    if (PGARandomFlip(ctx, mr)) {
     395                    /* won the coin toss -- change this parameter */
     396                        count++;
     397               
     398                        ival = paramPtr[n].value.sval.num;
     399                        if (PGARandomFlip(ctx, 0.5)) {
     400                            ival += 1;
     401                        } else {
     402                            ival -= 1;
     403                        }
     404                        strPtr = (RpOptimParamString*)envPtr->paramList[n];
     405                        if (ival < 0) ival = 0;
     406                        if (ival >= strPtr->numValues) ival = strPtr->numValues-1;
     407                        paramPtr[n].value.sval.num = ival;
     408                        paramPtr[n].value.sval.str = strPtr->values[ival];
     409                    }
     410                   
     411                    break;
     412                   
    373413            default:
    374414                panic("bad parameter type in PgapMutation()");
    375415            }
    376         }
     416       
    377417    }
    378418    return count;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.